Der beschriebene Mechanismus zum »harten Setzen« der Rechneruhr ist sicherlich in vielen Fällen ausreichend, doch beinhaltet er die Gefahr von Zeitsprüngen, die in manchen Anwendungen unbedingt vermieden werden müssen. Moderne Betriebssysteme bieten die Möglichkeit, die interne Uhr nicht nur zu setzen, sondern über einen Regelmechanismus nachzuführen. Windows NT ist ein solcher Aspirant. Im System gibt es eine Funktion, mit der das Uhrwerk justiert werden kann, ähnlich dem Verändern des Hebelarms einer Pendeluhr. Die Funktion "Set System Time Adjustment (Value)" beschleunigt oder verzögert die Systemuhr graduell. Dabei wird der mit Value übergebene Wert in 100-ns-Schritten angegeben.

Die Programmregelung der internen Uhr muss dann zyklisch folgende Aufgaben übernehmen: Ermitteln der Rechnerdrift durch Vergleich zwischen zwei externen Ereignissen mit der internen Uhr, Ermitteln der Stellgröße des Regelprozesses und Nachregeln der Rechneruhr.